Magyary Gyula Szolnokon született 1901. október 12-én. Szülei pedagógusok voltak. Kisgyermek korát a kárpátaljai Rahón töltötte, ahová 48-as ellenzéki volta miatt száműzték édesapját.

Gimnazista évei után az innsbrucki egyetemen kezdte bölcseleti és teológiai tanulmányait. Később a magyar kispapok bécsi otthona, a Pázmáneum növendékeként a bécsi egyetemen fejezte be teológiai stúdiumait. Ott szerezte meg első doktori oklevelét, melyet további négy (filozófia, politikai tudományok, egyházjog, kánonjog) követett.

1924. április 13-án, Innsbruckban szentelték pappá. Szentendrén káplánkodott, majd négy évig a pesti kereskedelmi iskola és a budai tanítóképző hittanára volt. (Ezekben az években szoros kapcsolatban állt a Habsburg-családdal.)

1929-ben egykori Alma Materébe, a Pázmáneumba helyezte át tanulmányi felügyelőnek és aligazgatónak Serédi Jusztinián hercegprímás. Meleg szívű, emberséges elöljárót tiszteltek benne a kék reverendás pázmániták.

A bécsi érsekség területén főszentszéki jegyzői, idővel -tanácsosi, végül kötelékvédői megbízatást kapott. Éveken át végzett magyar nyelvű miséket vasár- és ünnepnapokon Bécsben, s ellátta az ott élő magyarok hitoktatását is. Népszerű, tekintéllyel bíró „magyar pap” volt az osztrák főváros társadalmi életében.

A Dolfuss kancellár meggyilkolása utáni időkben közismertté váltak Hitler-ellenes nézetei. Amikor a hitleri bekebelezés megtörtént, s Ausztriából Ostmark lett, távoznia kellett Bécsből.

1940-ben pápai titkos kamarás címet kapott Rómában. Elvégezte a Sacra Rota Romana (szentszéki felsőbíróság) ügyvédi tanfolyamát, és beiktatták a pápai intézmény ügyvédi testületébe.

1943-ban a pápai egyetem, a mai Pontificia Universita Urbana egyházjog professzorává, később a jogi kar dékánjává nevezték ki. Tanítványai sorában számos bíboros, érsek és püspök található. Távoli kontinenseken élő főpapok Magyary professzortól hallottak először Magyarországról.

1953-ban pápai prelátus, majd tíz év múlva pápai protonotárius és a Szent Péter Bazilika tiszteletbeli kanonoka lett. A Máltai Lovagrend tagjává választotta, s e nagymúltú intézmény vatikáni követségének kánonjogi tanácsosi tisztét látta el.

1971-ben nyugdíjba vonult, s élete utolsó éveit csendes visszavonultságban töltötte a római Szent István zarándokházban.

Magyary Gyula sosem veszítette el kapcsolatát hazájával, szülővárosával. Pappá szentelése utáni első miséjét, majd 10 éves felszentelési emlékmiséjét is Szolnokon tartotta. 1928. január 5-én részt vett édesapja, id. Magyary Gyula temetésén, s húsvét vasárnapján szentbeszédet mondott a Vártemplomban. Rokonait és barátait haláláig szeretettel fogadta római otthonában. Magyar nyelvű írásokat publikált a Katolikus Szemle című folyóiratban.

Magyary Gyula 1938-ban Szolnokra írt képeslapja Varga Erzsébet gyűjteményéből

Legjelentősebb magyarországi látogatására 1944 őszén került sor. Vattay Antal altábornagy — a kormányzó főhadsegéde, katonai irodájának főnöke volt 1944-ben — így emlékezik: „Október 8-án, vagy 9-én megjelent nálam egy pap, aki nevemet jelszónak használva, Rómából USA-repülőgépen jött. A szlovák partizánokhoz repült, onnan részben vonaton, részben gyalog jött Budapestre. Átadott két schiffre-kulcsot, és egy kis könyvben, betűk aláhúzásával, forgalmi adatokat.” Ez a pap — mint Bokor Péter, a népszerű Századok című történelmi ismeretterjesztő filmsorozat író-rendezőjének 1978-ban készült riportjából tudjuk — Magyary Gyula volt. A Várba ment, Horthy Miklóssal tárgyalt, s ott is lakott az ország német megszállásáig. Még kalandosabb úton jutott vissza Rómába. A titkos küldetés lényegesebb részleteiről azonban még 1978-ban sem sokat árult el. Inkább csak következtetni lehet arra, hogy a nyugati hatalmakkal kötendő különbéke érdekében, hazájáért vállalta e veszélyes küldetést a politikával nem foglalkozó teológus. A részleteket hét magnókazettára mondta, melyeket lakásán őrzött, s rendelkezése szerint halála után hozhatják nyilvánosságra tartalmukat.

Magyary Gyula már huszonhárom éve nyugszik a római temetőben. A hét kazetta titka azonban — tudtunkkal — még nem tárult fel...

A MTA Bölcsészettudományi Kutatóközpont Történettudományi Intézete 2019-ben kiadott egy könyvet
„I was Francis Moly” - Magyary Gyula emlékezései egy titkos politikai-diplomáciai békemisszióra címmel.
A kötet Magyary Gyula „hét kazettájának" (pontosabban orsós magnószalagjának) tartalmát adja közre
unokahúga és keresztlánya, Lantos Erzsébet jóvoltából, aki megőrizte, majd legépelte azok tartalmát.
Ajánlást Erdő Péter, előszót Lantos Erzsébet régész-restaurátor írt,
a történelmi hátteret a szerkesztő, Fejérdy András történész vázolta fel.
Dr. Magyary Gyula küldetéséről és szolnoki kötődéséről Lantos Erzsébet 2019. okt. 15-iki látogatásakor beszélgettünk a Verseghy Könyvtárban. Szathmáry István riportja a szoljon.hu-n olvasható
Hazájáért vállalta életveszélyes küldetését a professzor
címmel.